在臺灣光復之初政府辦理土地總登記時，由於人民不諳法令，且當時主管登記機關之人員素質良莠不齊，以致於有以日據時期會社、組合、神明會或其他不明主體之名義申報登記土地、以日據時期不動產物權名稱申報登記之土地權利，和依日據時期土地登記簿記載內容登載於光復後土地登記簿等情事。
此外，於臺灣光復前後登記之所有權以外之其他土地權利及限制登記，或因權利人行方不明，或因法院無資料可查，致有未能辦理塗銷登記者。另外，因為共有土地各共有人登記之權利範圍錯誤，無證明文件可稽，且相關共有人因故未能申請更正登記者；部分寺廟及宗教團體土地產權未能妥適解決者；離島地區實施戰地政務終止前，地籍登記不完整或與現行法令規定不符等，以上種種土地權利之疑難雜症存在已久，不僅影響土地之有效利用及稅收，亦妨礙土地政策之推行及人民財產權利之行使。
為解決上述問題，內政部雖曾先後訂頒多種處理要點或辦法，惟因均屬行政命令，處理成效有限 。 爰制定地籍清理條例，經總統於96.3.21公布，並於97.7.1起施行。依地籍清理實施計畫規定，預定自97年起至102年分年度分類予以清理，以健全地籍管理，促進土地利用。